Urkundlich überlieferte Namen: Fafanhaa 924, Fafana 924 und 950. Anfänglich lauten alle Endungen stets -ana, -ena, -nach, -en, ena und na, was aber lauter Bach- oder Flussnamenendungen sind.
Gewässerkennzahl: 1184
Namensentwicklung: *Fafana
Etymologie: Das Flüsschen hätte seinen Namen sekundär vom Ort Pfaffnau bekommen, sagte Brandstetter 1903, Seite 355. Die Schreibweise mit -au (= Aue, Wiese am Wasser) am Ortnamenende kam erst 1501 auf. Daher schlägt Zielmann 1979, Seite 201 vor, den Ortsnamen als eher im Sinne von 'beim Bach am Pfaffengut' zu deuten. Die Pfaffnern wurde also nicht nach dem Ortsnamen benannt, sondern nach dem Pfaffengut.
Flussnamentyp: Er ist rein allemannisch, auch wenn die Endung -ana damals etwas gallorömisch klang.