Der Sandacker entstand, als sich der Furttallappen des Linth-Rheingletschers vor etwa 20'000 Jahren langsam aus Seebach zurückzog und etwa die Höhe der heutigen Schaffhauserstrasse erreichte. Der bis dahin aufgestaute Seebachersee konnte sich nun entlang der Gletscherstirn langsam entleeren und hinterliess hinter dem heutigen Sandackergebiet einen breiten, sandigen Streifen, auf welchem das Wasser des Katzenbachs, des Binzmühlebachs, des Riedgrabens, des Bocklerbachs und des Leutschenbachs zopfmusterartig dem Gletscherrand entlang flossen.
Anlässlich eines kurzen Zwischenhalts des Gletschers bildete sich bei Oberhausen eine kleine, vielleicht 20 m hohe Endmoräne, die beim weiteren Rückzug des Gletschers in Richtung Wallisellen das Schmelzwasser zum Oberhausersee staute und auch von den oben genannten Bächen zusätzlich gespiesen wurde. Das Niveau dieses Sees lag bei etwa 430 m, sodass er nur ganz am östlichen Rand Seebacher Boden berührte, aber keine landschaftsverändernde Wirkung auf Seebach hatte. Die Entstehung des Sandackers ist also weitgehend auf das Auslaufen des Seebachersees zurückzuführen.
Der Sand ist als eine Schüttung des auslaufenden Seebachersees zu verstehen. Man fand diesen Sand auch beim Aushub des viereckigen Sees im Opfikerpark sowie bei einer Baugrube an der Mattackerstrasse. Dieser Sand wurde später durch die Humusbildung überdeckt, aber nicht genügend tief, sodass die Bauern beim Pflügen schon ziemlich früh im Mittelalter diese Sandschicht ankratzten. Historisch sicher belegt ist der Sandacker seit 1549 (FMU), doch dürfte er diesen Namen schon etwas länger tragen.