Seebach wurde seit dem Verlegen der ersten Gleise im Jahre 1865 von drei Eisenbahngesellschaften durchfahren. Es waren dies die Nationalbahn (NB), die Nordostbahn (NOB), und die SBB. Die NB ging 1878 in der NOB und diese wiederum 1902 in den SBB auf. Seither bedient die SBB Seebach mit einem früher bemannten und seit 2004 mit einem unbemannten Bahnhof.
Auf Seebacher Grund befinden sich die Linien Zürich-Ã?rlikon-Seebach-Affoltern, Zürich-Bülach, Zürich-Kloten und Zürich-Flughafen Kloten. Seebach hat nur einen Bahnhof, doch waren schon zweimal neue Haltestellen im Hürst und hinter dem Schärenfeld (Katzenbach) geplant, Im Falle der Station Katzenbach wurde diese durch die betroffenen Anwohner verhindert, während die Haltestelle Hürst von Anfang an eine Planungsruine war.
Bei der Projektierung des Streckenabschnittes Kloten-Affoltern der Bahnlinie Winterthur-Baden der SNB dachte man eine Zeit lang auch an eine Linienführung, welche von der heutigen abwich. Danach hätte das Bahngleis im Gebiet Ettenfeld/Sack in einem grossen Bogen in die Gegend der heutigen Tramenstation Seebach geführt worden und hätte Seebach nördlich der Waid verlassen. Von dort wäre das Trassee weiter dem Bach entlang bis zur Reckenholzstrasse geführt worden und wäre in der Gegend des alten Bahnübergangs über die Wehntalerstrasse wieder in die heutige Linienführung gelangt. Der Bahnhof Affoltern wäre bei dieser Linienführung näher beim alten Dort Unteraffoltern zu liegen gekommen. Diese Linienführung wurde aber dank geologischer und logistischer Ã?berlegungen nicht realisiert und zwar, wegen dem teureren Unterbau im sumpfigeren Boden entlang dem Bach und weil die Strecke weiter weg von möglichen Kiesabbaustellen lag. Der Bahnhof Seebach wäre dafür im Gebiet Morgenacker (heutiger Kindergarten Katzenbachweg) an viel besserer Stelle zu liegen gekommen als dies heute der Fall ist.
Auch eine Stadttransversale von Seebach über den Milchbuck zum Hirschengraben war geplant. Siehe unter Seebach-Zürich-Bahn!
Quellen: - Tagespresse über die Jahre - Seebacher Nachrichten 1958/59, Reinhard Ochsner - Broschüre «1877-1977 - 100 Jahre Bahnhof Seebach»